Βασική διαφορά: Το JRE σημαίνει Java Runtime Environment. Πρόκειται για το περιβάλλον εκτέλεσης Java της Oracle, το οποίο χρησιμοποιείται για την εκτέλεση Java bytecode. Από την άλλη πλευρά, το SDK ή το κιτ ανάπτυξης λογισμικού είναι ένα σύνολο εργαλείων ανάπτυξης λογισμικού. Αυτά χρησιμοποιούνται κυρίως για τη δημιουργία διαφόρων εφαρμογών. Το JRE χρησιμοποιείται για την εκτέλεση αυτών και άλλων προγραμμάτων Java.
Τα SDK περιλαμβάνουν συχνά αρχεία για τη διασύνδεση με μια συγκεκριμένη γλώσσα προγραμματισμού, εξελιγμένο υλικό για επικοινωνία με ένα συγκεκριμένο ενσωματωμένο σύστημα, εργαλεία για βοηθητικά προγράμματα εντοπισμού σφαλμάτων και άλλες υπηρεσίες κοινής ωφέλειας, καθώς και δείγμα κώδικα, υποστήριξη τεχνικών σημειώσεων ή άλλων δικαιολογητικών για την αποσαφήνιση σημείων από την κύρια αναφορά υλικό. Ομοίως, το JDK συνοδεύεται από JRE και διάφορα εργαλεία ανάπτυξης, όπως βιβλιοθήκες Java, μεταγλωττιστές πηγής Java, εργαλεία εντοπισμού σφαλμάτων Java, εργαλεία δέσμευσης και ανάπτυξης.
Η διαφορά μεταξύ JRE και SDK μπορεί να συνοψιστεί ως τέτοια. Το SDK ή μάλλον το JDK μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να μεταγλωττίσει τα προγράμματα σε Java bytecode. Ο bytecode Java είναι μια τυποποιημένη φορητή δυαδική μορφή η οποία συνήθως εμφανίζεται με τη μορφή αρχείων .class. Τα προγράμματα μπορούν να είναι πολλών κατηγοριών και σε διαφορετικά αρχεία.
Προκειμένου να εκτελεστεί το πρόγραμμα, ο bytecode πρέπει στη συνέχεια να μετατραπεί σε αντίστοιχες εντολές οι οποίες θα γίνουν κατανοητές από το τοπικό λειτουργικό σύστημα. Το JRE χρησιμοποιείται για να γίνει αυτό. Υπάρχουν διαφορετικές εκδόσεις του JRE που μεταφράζουν το bytecode για το αντίστοιχο λειτουργικό τους σύστημα, δηλαδή ένα για Windows XP, ένα για Windows Vista, ένα για Windows 7, ένα για Mac Snow Leopard κ.λπ. Η όλη λειτουργία του JRE είναι να επιτρέψει στον υπολογιστή για να εκτελέσετε το πρόγραμμα Java.
Ουσιαστικά, το JDK χρησιμοποιείται για να γράψει ή να μεταγλωττίσει τα δικά του προγράμματα Java, ενώ το JRE χρησιμοποιείται για την εκτέλεση αυτών και άλλων προγραμμάτων Java, τα οποία είναι άμεσα διαθέσιμα στο διαδίκτυο. Ορισμένες εφαρμογές και παιχνίδια βασίζονται επί του παρόντος στην Java.