Βασική διαφορά: Η κύρια διαφορά μεταξύ των δύο κυττάρων είναι ότι τα προκαρυωτικά κύτταρα βασικά δεν έχουν πυρήνα, ενώ τα ευκαρυωτικά κύτταρα έχουν πραγματικούς πυρήνες. Τα ευκαρυωτικά κύτταρα είναι μεγαλύτερα και πιο πολύπλοκα από τα προκαρυωτικά κύτταρα.

Όλοι οι ζωντανοί οργανισμοί μπορούν να ταξινομηθούν σε μία από τις δύο ομάδες ανάλογα με τη θεμελιώδη δομή των κυττάρων τους. Οι δύο κύριες κατηγορίες κυττάρων είναι οι προκαρυώτες και οι ευκαρυώτες. Αυτοί οι δύο τύποι κυττάρων έχουν πολλά κοινά. Εκτελούν τις ίδιες λειτουργίες και με τους ίδιους τρόπους. Και τα δύο περικλείονται από μεμβράνες πλάσματος, γεμίζονται με κυτταρόπλασμα και φορτώνονται με μικρές δομές που ονομάζονται ριβοσώματα. Και οι δύο έχουν DNA που φέρει τις αρχειοθετημένες οδηγίες για τη λειτουργία του κυττάρου. Ωστόσο, υπάρχουν μερικές διαφορές μεταξύ των δύο τύπων κυττάρων.

Ο όρος προκαρυώτης προέρχεται από την ελληνική λέξη "προκαρυώτης", που σημαίνει πριν από τους πυρήνες. Τα προκαρυωτικά είναι οργανισμοί που αποτελούνται από κύτταρα που στερούνται κυτταρικού πυρήνα ή οποιουδήποτε μεμβράνης που περικλείονται από οργανίδια. Αυτό σημαίνει ότι δεν έχουν πυρήνα. Επίσης, το γενετικό υλικό, δηλαδή το DNA, στα προκαρυωτικά δεν δεσμεύεται μέσα σε έναν πυρήνα. Επιπλέον, το DNA είναι λιγότερο δομημένο και βρίσκεται σε έναν ενιαίο βρόχο. Οι περισσότεροι προκαρυώτες αποτελούνται από ένα μόνο κύτταρο και ονομάζονται μονοκύτταροι οργανισμοί. Υπάρχουν επίσης μερικοί προκαρυώτες που είναι κατασκευασμένοι από συλλογές κυττάρων και ονομάζονται πολυκυτταρικοί οργανισμοί. Οι προκαρυώτες χωρίζονται σε δύο ομάδες, είναι:

• Βακτήρια
• Αρχαία

Οι ευκαρυώτες είναι οργανισμοί αποτελούμενοι από κύτταρα που έχουν πυρήνα συνδεδεμένο με μεμβράνη καθώς επίσης και οργανίδια με μεμβράνη. Ο όρος ευκαρυωτικό προέρχεται από την ελληνική λέξη "œeukaryoteâ", που σημαίνει αληθινές ή καλές πυρήνες. Αυτό το κελί περιλαμβάνει όλα τα βασίλεια ζωής εκτός από τη μονέρα. Αυτοί οι οργανισμοί κρατούν το γενετικό υλικό στα κύτταρα τους. Το γενετικό υλικό στα ευκαρυωτικά περιέχεται μέσα σε έναν πυρήνα σε ένα κύτταρο. Το DNA αυτών των οργανισμών είναι δομημένο και οργανώνεται σε χρωμοσώματα. Επίσης, το DNA είναι γραμμικό και συσχετίζεται με πρωτεΐνες για να σχηματίσει χρωματίνη. Οι ευκαρυωτικοί οργανισμοί μπορεί να είναι πολυκύτταροι ή μονοκύτταροι οργανισμοί. Όλα τα ζώα θεωρούνται ευκαρυωτικά. Άλλοι ευκαρυωτικοί περιλαμβάνουν φυτά, μύκητες και αντιστάσεις.

Τα προκαρυωτικά και ευκαρυωτικά κύτταρα συνδέονται αμφότερα μεταξύ τους σε μέγεθος και πολυπλοκότητα. Αυτά τα κύτταρα είναι διαφορετικά μεταξύ τους. Ωστόσο, είναι σαφώς πιο ομοειδή από διαφορετικά και είναι σαφώς εξελικτικά συνδεδεμένα μεταξύ τους. Οι βιολόγοι πιστεύουν ότι το ευκαρυωτικό κύτταρο αναπτύσσεται σαφώς από το προκαρυωτικό κύτταρο.

Σύγκριση μεταξύ προκαρυωτικών και ευκαρυωτικών κυττάρων:

	Προκαρυωτικό κύτταρο	Ευκαρυωτικό κύτταρο
Ορισμός	Αυτοί είναι οργανισμοί που αποτελούνται από κύτταρα που στερούνται κυτταρικού πυρήνα ή οποιουδήποτε μεμβράνης που περικλείονται από οργανίδια.	Αυτοί οι οργανισμοί αποτελούνται από κύτταρα που διαθέτουν πυρήνα συνδεδεμένο με μεμβράνη καθώς και οργανίδια με μεμβράνη.
Πυρήνας	Δεν έχει πυρήνα.	Έχει έναν πραγματικό πυρήνα, οριοθετημένο από μια διπλή μεμβράνη.
Ρύθμιση DNA	Έχει έναν κυκλικό βρόχο.	Είναι γραμμικό.
Μέγεθος	Μικρά κύτταρα (<5 μm)	Μεγάλα κύτταρα (<10 μm)
Κύτταρο	Πάντα μονοκύτταρα	Κυρίως πολυκυτταρικό
Κυτταρικό τοίχωμα	Συνήθως παρών? χημικά πολύπλοκα στη φύση	Όταν υπάρχει, χημικά απλή στη φύση
Πρωτεΐνη	Δεν περιέχει πρωτεΐνη στο DNA του.	Περιέχει πρωτεΐνες στο DNA για να σχηματίσει χρωματίνη.
Ribosome	Περιέχει μικρά ριβοσώματα.	Περιέχει μεγάλα ριβοσώματα.
Κυτόπλασμα	Κανένας κυτταροσκελετός	Πάντα έχετε κυτταροσκελετά
Κυτταρική διαίρεση	Η κυτταρική διαίρεση είναι με δυαδική σχάση	Η κυτταρική διαίρεση είναι με μίτωση
Αναπαραγωγή	Η αναπαραγωγή είναι πάντα ασήμαντη	Η αναπαραγωγή είναι ασεξουαλική ή σεξουαλική
Μεταβολικές οδούς	Τεράστια ποικιλία μεταβολικών οδών	Κοινές μεταβολικές οδούς
Flagella	Αποτελείται από δύο δομικά στοιχεία πρωτεϊνών	Είναι πολύπλοκο και αποτελείται από πολλαπλούς μικροσωληνίσκους
Πολλαπλές κυτταρικές μορφές	Σπάνιος	Συνήθεις με εκτεταμένο σχηματισμό ιστού
Μεσοσώματα	Εκτελούν λειτουργίες των οργάνων golgi και μιτοχόνδρια και επίσης βοηθούν στον διαχωρισμό των χρωμοσωμάτων.	Απών
Μεμβράνη πλάσματος	Δεν περιέχουν υδατάνθρακες και στερόλες	Στερόλες και υδατάνθρακες είναι και οι δύο παρούσες
Glycocalyx	Παρουσιάστε ως καψάκιο ή στρώμα λάσπης	Παρόντες σε μερικά κύτταρα τα οποία στερούνται κυτταρικού τοιχώματος
Παράδειγμα	Βακτήρια και Αρχαία	Ζωικά κύτταρα και φυτικά κύτταρα