Βασική διαφορά: Το φωτοσύστημα μου πήρε το όνομά μου "Ι" όπως ανακαλύφθηκε πριν από το φωτοσύστημα II. Ωστόσο, κατά τη διαδικασία της φωτοσύνθεσης, το φωτοσύστημα ΙΙ μπαίνει σε λειτουργία πριν από το φωτοσύστημα Ι. Η κύρια διαφορά μεταξύ των δύο είναι τα μήκη κύματος του φωτός στα οποία αποκρίνονται. Το σύστημα εικόνας Ι απορροφά το φως με μήκη κύματος μικρότερο από 700 nm, ενώ το φωτοσύστημα ΙΙ απορροφά το φως με μήκος κύματος μικρότερο από 680 nm. Ωστόσο, και οι δύο είναι εξίσου σημαντικές στη διαδικασία οξυγονοσύνθεσης.

Φυτά, άλγη και πολλά είδη βακτηρίων συμμετέχουν στη διαδικασία της φωτοσύνθεσης. Είναι μια από τις κύριες πηγές ενέργειας για τα φυτά και τους περισσότερους άλλους τύπους βακτηρίων. Προκειμένου τα φυτά και τα κυανοβακτήρια να διεξάγουν οξυγονική φωτοσύνθεση, χρειάζονται και τα δύο φωτοσυστήματα Ι και ΙΙ. Η οξυγονική φωτοσύνθεση χρησιμοποιεί διοξείδιο του άνθρακα και νερό για την παραγωγή οξυγόνου και ενέργειας.
Τα συστήματα εικόνας είναι δομικές μονάδες συμπλεγμάτων πρωτεϊνών που εμπλέκονται στη φωτοσύνθεση. Εκτελούν την πρωταρχική φωτοχημεία της φωτοσύνθεσης, δηλαδή την απορρόφηση του φωτός και τη μεταφορά ενέργειας και ηλεκτρονίων. Στα φυτά και τα άλγη, τα φωτοσυστήματα βρίσκονται στους χλωροπλάστες, ενώ στα φωτοσυνθετικά βακτήρια βρίσκονται στην κυτταροπλασματική μεμβράνη.
Το φωτοσύστημα μου πήρε το όνομά του "Ι" όπως ανακαλύφθηκε πριν από το φωτοσύστημα II. Ωστόσο, κατά τη διαδικασία της φωτοσύνθεσης, το φωτοσύστημα ΙΙ μπαίνει σε λειτουργία πριν από το φωτοσύστημα Ι. Η κύρια διαφορά μεταξύ των δύο είναι τα μήκη κύματος του φωτός στα οποία αποκρίνονται. Το σύστημα εικόνας Ι απορροφά το φως με μήκη κύματος μικρότερο από 700 nm, ενώ το φωτοσύστημα ΙΙ απορροφά το φως με μήκος κύματος μικρότερο από 680 nm. Ωστόσο, και οι δύο είναι εξίσου σημαντικές στη διαδικασία οξυγονοσύνθεσης.
Το σύστημα εικόνας I περιέχει το μόριο P700 χλωροφύλλη-Α, το οποίο απορροφά μήκος κύματος μικρότερο από 700 nm. Λαμβάνει ενέργεια από τα φωτόνια, εκτός από τις σχετικές βοηθητικές χρωστικές στο σύστημα κεραίας και από την αλυσίδα μεταφοράς ηλεκτρονίων από το Photosystem II. Χρησιμοποιεί την ενέργεια από το φως για να μειώσει το NADP + (νικοτιναμιδικό αδενινο δινουκλεοτίδιο φωσφορικό) στο NADPH + H +, ή απλώς να τροφοδοτήσει μια αντλία πρωτονίων (πλαστοκινόνη, ή PQ).
Το Phototype II, το οποίο είναι το πρώτο σύμπλεγμα πρωτεϊνών στην φωτοσύνθεση που εξαρτάται από το φως, περιέχει το μόριο P680 της χλωροφύλλης-Α που απορροφά το φως με μήκος κύματος μικρότερο από 680 nm. Λαμβάνει ενέργεια από τα φωτόνια και τις σχετικές βοηθητικές χρωστικές στο σύστημα κεραίας και το χρησιμοποιεί για την οξείδωση των μορίων του νερού, την παραγωγή πρωτονίων (Η +) και 02 καθώς και τη διέλευση ενός ηλεκτρονίου στην αλυσίδα μεταφοράς ηλεκτρονίων.

Στη διαδικασία της φωτοσύνθεσης, το φωτοσύστημα II απορροφά το φως, με το οποίο τα ηλεκτρόνια στην χλωροφύλλη του κέντρου αντίδρασης διεγείρονται σε υψηλότερο επίπεδο ενέργειας και παγιδεύονται από τους δέκτες πρωτογενών ηλεκτρονίων. Στο φωτοσύστημα II, ένα σύμπλεγμα τεσσάρων ιόντων μαγγανίου εκχυλίζει ηλεκτρόνια από το ύδωρ, τα οποία στη συνέχεια τροφοδοτούνται στη χλωροφύλλη μέσω μιας οξειδοαναγωγικής τυροσίνης.
Τα ηλεκτρόνια στη συνέχεια φωτοεξερεύονται, τα οποία κινούνται μέσω του συμπλόκου του κυτοχρώματος b6f στο φωτοσύστημα Ι μέσω μιας αλυσίδας μεταφοράς ηλεκτρονίων που βρίσκεται στη μεμβράνη θυλακοειδούς. Η ενέργεια των ηλεκτρονίων στη συνέχεια αξιοποιείται μέσω μιας διαδικασίας που ονομάζεται χημιοσμωτική. Η ενέργεια χρησιμοποιείται για τη μεταφορά υδρογόνου (Η +) μέσω της μεμβράνης, στον αυλό, προκειμένου να παρασχεθεί μια κινητήρια δύναμη πρωτονίων για την παραγωγή ΑΤΡ. Το ΑΤΡ παράγεται όταν η συνθετάση ΑΤΡ μεταφέρει τα πρωτόνια που υπάρχουν στον αυλό στο στρώμα, μέσω της μεμβράνης. Τα πρωτόνια μεταφέρονται από την πλαστοκινόνη. Εάν τα ηλεκτρόνια περνούν μόνο μία φορά, η διαδικασία ονομάζεται μη κυκλική φωτοφωσφορυλίωση.
Αφού φτάσει το ηλεκτρόνιο στο φωτοσύστημα Ι, γεμίζει την χλωροφύλλη του αντιδραστικού μέσου του φωτοσυστήματος Ι. Τα ηλεκτρόνια στη συνέχεια φωτοεξερεύονται και παγιδεύονται σε ένα μόριο δέκτη ηλεκτρονίων του φωτοσυστήματος Ι. Τα ηλεκτρόνια μπορούν είτε να συνεχίσουν να περνούν μέσω κυκλικής μεταφοράς ηλεκτρονίων γύρω από το PS I ή να περάσουν μέσω της φερρεδοξίνης στο ένζυμο NADP + αναγωγάση. Τα ηλεκτρόνια και τα ιόντα υδρογόνου προστίθενται στο NADP + για να σχηματίσουν NADPH, το οποίο στη συνέχεια μεταφέρεται στον κύκλο Calvin για να αντιδράσει με γλυκερικό 3-φωσφορικό, μαζί με το ΑΤΡ για να σχηματίσει 3-φωσφορική γλυκεραλδεΰδη. Το 3-φωσφορικό γλυκεραλδεΰδη είναι το βασικό δομικό στοιχείο που μπορεί να χρησιμοποιηθεί από τα φυτά για να παράγει μια ποικιλία ουσιών.